局部损伤：小的结石，可以在尿路内自由活动，容易磨伤尿路粘膜引起出血，但是这种局部损伤还是比较轻的。
 
大的比较固定的或鹿角性的尿结石，虽然疼痛并不厉害，但可长期压迫尿路粘膜，使上皮脱落、组织溃疡，以至结石于输尿管壁形成粘连，严重的还可能引起癌变。

        尿路梗阻：肾、输尿管结石最容易在肾盂输尿管连接处，输尿管跨越髂血管处于膀胱交界处停留，引起尿路梗阻。尿路梗阻后，梗阻以上的输尿管和肾盂就会扩张、积水，肾脏积水可分为轻度、中度和重度肾积水。肾积水时，肾脏实质受到的挤压，影像肾功能，如果肾积水长期没有解决，可使整个肾脏功能丧失。要是双侧尿路都有梗阻的话，就会导致尿毒症。